Gen có thể gồm nhiều alen, là các trạng thái khác nhau của cùng 1 gen. Và các alen của cùng một gen tất nhiên có sự sai khác, dù rất nhỏ trong trình tự Nu, dẫn đến hình thành các sản phẩm khác nhau, quy định kiểu hình khác nhau.
Ta nói locus A quy định tính trạng màu sắc hoa, nhưng alen A1, A2...