Vỏ nhầy (capsule): Ở một số loài vi khuẩn bên ngoài thành tế bào còn có một lớp bao nhầy hay còn gọi là giáp mạc. Đó là một lớp vật chất dạng keo, có thể rất mỏng hoặc rất dày và tùy theo kích thước của vỏ nhầy người ta chia thành:
+ Vỏ nhầy mỏng (microcapsule).
+ Vỏ nhầy (capsule).
+ Khối nhầy (zooglea).
Có khi vỏ nhầy bao bọc cả một nhóm vi khuẩn. Chỉ có một số loài vi khuẩn có khả năng tạo vỏ nhầy và sự hình thành vỏ nhầy cũng tùy thuộc nhiều vào môi trường, ví dụ đối với các vi khuẩn gây bệnh thì vỏ nhầy chỉ được tạo ra khi chúng hiện diện trong cơ thể vật chủ còn khi ra khỏi cơ thể và được nuôi trong các môi trường dinh dưỡng nhân tạo, vi khuẩn mất khả năng sinh vỏ nhầy nhưng vẫn sống, sinh trưởng, phát triển và sinh sản bình thường.
Thành phần chủ yếu của vỏ nhầy là polysaccharide, ngoài ra còn có polypeptide và protein. Vỏ nhầy polysaccharide chiếm tỉ lệ lớn (Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, Xanthomonas, Corynebacterium…). Vỏ nhầy của một số loài Bacillus như Bacillus anthracis, Bacillus subtilis…được cấu tạo bởi polypeptide, chủ yếu là acid polyglutamic.
Vỏ nhầy là một yếu tố rất quan trọng trong việc bảo vệ sự tồn tại và phát triển của vi khuẩn do:
+ Tăng độc lực làm vi khuẩn có tính gây bệnh cao, làm cho bạch cầu không đến gần được vi khuẩn, tránh được hiện tượng thực bào (phagocytosis).
+ Dự trữ và cung cấp chất dinh dưỡng cho vi khuẩn khi môi trường sống thiếu thức ăn.
+ Tránh khỏi sự bám dính và xâm nhập của phage.
+ Giúp vi khuẩn bám được vào bề mặt một số giá thể.
+ Tích trữ một số sản phẩm trao đổi chất.
+ Bảo vệ vi khuẩn tránh khỏi thương tổn khi môi trường khô hạn.