What's new

eDNA

#1
Theo những gì tôi hiểu thì eDNA = environmetal DNA, ví dụ như trong công trình này loài ếch Bullfrog là một loài ngoại lai du nhập vào Pháp, nó sống trong các thủy vực ở đó. Nghiên cứu trên đã tiến hành thu mẫu nước từ hồ khác nhau, kiểm tra sự có mặt của DNA của loài ếch trên trong nước (eDNA) và cho kết quả phát hiện sự có mặt của ếch ở 38/49 hồ. Trong khi đó với các phương pháp truyền thống như nhìn (vision) hoặc nghe (auditory) thì chỉ phát hiện được 7/48.

Công trình này được công bố trên tạp chí Journal of Applied Ecology, Volume 49, Issue 4, pages 953–959, August 2012.

Vấn đề tôi đang quan tâm là liệu phương pháp eDNA này có đủ độ nhạy để phát hiện những loài nhỏ hơn như Daphnia, các loài côn trùng thủy sinh sống trong nước hay không. Nó có thể mở ra một ứng dụng lớn hơn trong việc đánh giá sự đang dạng sinh học mà không cần trực tiếp thu mẫu sinh vật sống vẫn có thể đánh giá được thành phần loài của quần xã.

Có ai có ý kiến gì hay không?
 

orion8x

Member
Đâu có acc đâu mà đọc cái article của a. Nếu a có acc inbox cho e dùng vớ:mrgreen:i, dạo này học xong nên trường cắt hết mấy cái acc xem journal rồi:cry:
 
Đâu có acc đâu mà đọc cái article của a. Nếu a có acc inbox cho e dùng vớ:mrgreen:i, dạo này học xong nên trường cắt hết mấy cái acc xem journal rồi:cry:
bài gốc đây. về acc thì anh không cho được vì 1) không được phép, và 2) nó link đến tất cả personal info và academic status nên những cái này có thể bị chỉnh sửa, thay đổi.

ĐK
 
Last edited:

Nguyễn Xuân Hưng

Administrator
Theo những gì tôi hiểu thì eDNA = environmetal DNA, ví dụ như trong công trình này loài ếch Bullfrog là một loài ngoại lai du nhập vào Pháp, nó sống trong các thủy vực ở đó. Nghiên cứu trên đã tiến hành thu mẫu nước từ hồ khác nhau, kiểm tra sự có mặt của DNA của loài ếch trên trong nước (eDNA) và cho kết quả phát hiện sự có mặt của ếch ở 38/49 hồ. Trong khi đó với các phương pháp truyền thống như nhìn (vision) hoặc nghe (auditory) thì chỉ phát hiện được 7/48.

Công trình này được công bố trên tạp chí Journal of Applied Ecology, Volume 49, Issue 4, pages 953–959, August 2012.

Vấn đề tôi đang quan tâm là liệu phương pháp eDNA này có đủ độ nhạy để phát hiện những loài nhỏ hơn như Daphnia, các loài côn trùng thủy sinh sống trong nước hay không. Nó có thể mở ra một ứng dụng lớn hơn trong việc đánh giá sự đang dạng sinh học mà không cần trực tiếp thu mẫu sinh vật sống vẫn có thể đánh giá được thành phần loài của quần xã.

Có ai có ý kiến gì hay không?
Cái này hay nhỉ. Tớ vừa đọc qua, bài này không nêu chi tiết primer sử dụng mà trích dẫn theo 1 bài khác. Nếu Khương đọc kỹ rồi thì cho mọi người biết primer họ dùng đặc hiệu cho gene gì nhé.
 
Hi Hưng,
Các thông tin mà Hưng muốn biết thêm:
Primers: 5′-TGCCAACGGAGCATCATTC-3′ and 5′-ATAAAGGTAGGAGCCGTAGT-3′

and DNA: a 79 bp segment of mitochondrial cyt-b, which is monomorphic in all 397 individuals analysed by population genetic studies covering the whole native and European range of the species
(nguồn: Ficetola et al., 2008. Biol. Lett. 23 August 2008 vol. 4 no. 4 423-425)
 

Ho Huu Tho

Member
...After 10 min at 95 C (Taq activation), the PCR cycles were performed as follows: 55 cycles of 30 s at 95 C, 30 s at 61 C. PCR products were visualized using electrophoresis on 2% agarose gel.

55 chu kỳ là quá nhiều đối với phản ứng PCR thông thường, nên tôi nghĩ tới một khả năng là độ ổn định của phương pháp không cao và nguy cơ dương tính giả lớn.
 

Nguyễn Xuân Hưng

Administrator
Hi Hưng,
Các thông tin mà Hưng muốn biết thêm:
Primers: 5′-TGCCAACGGAGCATCATTC-3′ and 5′-ATAAAGGTAGGAGCCGTAGT-3′

and DNA: a 79 bp segment of mitochondrial cyt-b, which is monomorphic in all 397 individuals analysed by population genetic studies covering the whole native and European range of the species
(nguồn: Ficetola et al., 2008. Biol. Lett. 23 August 2008 vol. 4 no. 4 423-425)
Hay nhỉ, tớ không biết gì về lĩnh vực môi trường này. Chỉ thấy lạ là họ lấy mẫu nước, rồi PCR với mồi đặc hiệu cho 1 đoạn gene cyt-b của ty thể. Chứng tỏ loài ếch tiết xuất DNA ty thể ra môi trường nước? Có nghiên cứu nào nói về vấn đề này không Khương? Nếu đúng thế thật thì để mở rộng nghiên cứu này cần xác định được gene nào mà loài cần xác định tiết ra môi trường nhỉ?

Theo thông tin của Khương thì đoạn gene đích chỉ dài có 79bp nên họ dùng tới 55 chu kỳ PCR cũng hữu lý để đủ có thể thu đươc lượng sản phẩm đủ phát hiện được.
 
Hay nhỉ, tớ không biết gì về lĩnh vực môi trường này. Chỉ thấy lạ là họ lấy mẫu nước, rồi PCR với mồi đặc hiệu cho 1 đoạn gene cyt-b của ty thể. Chứng tỏ loài ếch tiết xuất DNA ty thể ra môi trường nước? Có nghiên cứu nào nói về vấn đề này không Khương? Nếu đúng thế thật thì để mở rộng nghiên cứu này cần xác định được gene nào mà loài cần xác định tiết ra môi trường nhỉ?

Theo thông tin của Khương thì đoạn gene đích chỉ dài có 79bp nên họ dùng tới 55 chu kỳ PCR cũng hữu lý để đủ có thể thu đươc lượng sản phẩm đủ phát hiện được.
Liệu đoạn giới thiệu này của họ có thuyết phục không nhỉ? Về mặt kỹ thuật tớ không có đánh giá gì được vì kiến thức về di truyền học đã trở về lại gần zero rồi :D

The assessment of species distribution is a first critical phase of biodiversity studies and is necessary for several disciplines such as biogeography, conservation biology and ecology (Margurran 2004). However, several species are difficult to detect, especially during particular time periods or developmental stages, potentially biasing study outcomes (Gotelli & Colwell 2001; MacKenzie et al. 2006). The extraction of DNA from environmental samples allows the characterization of their micro-organisms (Venter et al. 2004). It can also provide information on extinct communities of macro-organisms, since short DNA sequences can persist for long time periods, as shown by the studies on old sediments, permafrost and ice cores (Hofreiter et al. 2003; Willerslev et al. 2003, 2007). While short DNA sequences may be present at high density in the environment, their potential for the study of present-day communities of macro-organisms remains substantially unexplored. Here we present a novel approach, based on the persistence of DNA in the environment, to detect the presence of a species in fresh water. We examined whether DNA fragments are preserved in the aquatic environment and whether they can be used for a reliable assessment of current species presence. We first used the method in controlled environments and then evaluated whether it could be applied under natural field conditions. The model species was the American bullfrog Rana catesbeiana (=Lithobates catesbeianus), an invasive amphibian for which high-quality census data exist (Ficetola et al. 2007a,b). This allowed reliable field validation. The American bullfrog is native to western North America, but has been introduced into ecosystems around the globe. It is considered one of the world's most harmful invasive species, since it is responsible for the decline of native amphibians by direct predation, competition, diffusion of diseases and complex biotic interactions (Blaustein & Kiesecker 2002; Kats & Ferrer 2003; Garner et al. 2006).
 
Nếu vấn đề về kỹ thuật được giải quyết cho nhiều loài khác thì khả năng sẽ có nhiều điều thú vị về đánh giá đa dạng sinh học, bảo tồn tác động môi trường etc mà trước giờ chưa phát hiện ra được bằng các phương pháp truyền thống ?? rất có thể lắm chứ nhỉ hihi
 

Nguyễn Xuân Hưng

Administrator
Liệu đoạn giới thiệu này của họ có thuyết phục không nhỉ? Về mặt kỹ thuật tớ không có đánh giá gì được vì kiến thức về di truyền học đã trở về lại gần zero rồi :D

The assessment of species distribution is a first critical phase of biodiversity studies and is necessary for several disciplines such as biogeography, conservation biology and ecology (Margurran 2004). However, several species are difficult to detect, especially during particular time periods or developmental stages, potentially biasing study outcomes (Gotelli & Colwell 2001; MacKenzie et al. 2006). The extraction of DNA from environmental samples allows the characterization of their micro-organisms (Venter et al. 2004). It can also provide information on extinct communities of macro-organisms, since short DNA sequences can persist for long time periods, as shown by the studies on old sediments, permafrost and ice cores (Hofreiter et al. 2003; Willerslev et al. 2003, 2007). While short DNA sequences may be present at high density in the environment, their potential for the study of present-day communities of macro-organisms remains substantially unexplored. Here we present a novel approach, based on the persistence of DNA in the environment, to detect the presence of a species in fresh water. We examined whether DNA fragments are preserved in the aquatic environment and whether they can be used for a reliable assessment of current species presence. We first used the method in controlled environments and then evaluated whether it could be applied under natural field conditions. The model species was the American bullfrog Rana catesbeiana (=Lithobates catesbeianus), an invasive amphibian for which high-quality census data exist (Ficetola et al. 2007a,b). This allowed reliable field validation. The American bullfrog is native to western North America, but has been introduced into ecosystems around the globe. It is considered one of the world's most harmful invasive species, since it is responsible for the decline of native amphibians by direct predation, competition, diffusion of diseases and complex biotic interactions (Blaustein & Kiesecker 2002; Kats & Ferrer 2003; Garner et al. 2006).
Đoạn này nói cũng không rõ. Nhưng có vẻ như đoạn 79bp đó có trong mẫu nước là do tuy chú ếch bị chết nhưng DNA của chú ý vẫn lững lờ trôi trong nước. Khá hay.
 

Nguyễn Xuân Hưng

Administrator
Theo tôi metagenomics khác eDNA. Cái trước dùng để phát hiện nhiều loài chưa biết, cái sau thì xác định 1 loài đã biết.
 
Đoạn này nói cũng không rõ. Nhưng có vẻ như đoạn 79bp đó có trong mẫu nước là do tuy chú ếch bị chết nhưng DNA của chú ý vẫn lững lờ trôi trong nước. Khá hay.
hi Hưng, nguồn eDNA:

The (same) approach could be useful for studying secretive aquatic or semi-aquatic species, which release DNA into the environment through mucus, faeces, urine and remains.
 

Nguyễn Xuân Hưng

Administrator
Mình chưa hiểu làm sao có thể phát hiện ra loài mà mình chưa biết?
Ví dụ thế này. Để xác định các loài vi sinh vật có mặt trong ruột người hay trong 1 mẫu đất. Người ta tách chiến DNA tổng số, PCR dùng mồi đặc hiệu đoạn bảo thủ của gene mã hóa 16S rRNA. Sau đó chạy DGGE (kỹ thuật điện di cho phép phân biệt các trình tự không chỉ khác nhau ở kích thước DNA mà còn thành phần trình tự). Sau đó cắt các băng khác nhau đi giải trình tự.

Vì dùng primers đặc hiệu cho vùng bảo thủ nên có thể nhân được gene mã hóa 16S rRNA của cả các loài chưa biết.
 
Ví dụ thế này. Để xác định các loài vi sinh vật có mặt trong ruột người hay trong 1 mẫu đất. Người ta tách chiến DNA tổng số, PCR dùng mồi đặc hiệu đoạn bảo thủ của gene mã hóa 16S rRNA. Sau đó chạy DGGE (kỹ thuật điện di cho phép phân biệt các trình tự không chỉ khác nhau ở kích thước DNA mà còn thành phần trình tự). Sau đó cắt các băng khác nhau đi giải trình tự.

Vì dùng primers đặc hiệu cho vùng bảo thủ nên có thể nhân được gene mã hóa 16S rRNA của cả các loài chưa biết.
Cảm ơn Hưng!
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Ví dụ thế này. Để xác định các loài vi sinh vật có mặt trong ruột người hay trong 1 mẫu đất. Người ta tách chiến DNA tổng số, PCR dùng mồi đặc hiệu đoạn bảo thủ của gene mã hóa 16S rRNA. Sau đó chạy DGGE (kỹ thuật điện di cho phép phân biệt các trình tự không chỉ khác nhau ở kích thước DNA mà còn thành phần trình tự). Sau đó cắt các băng khác nhau đi giải trình tự.

Vì dùng primers đặc hiệu cho vùng bảo thủ nên có thể nhân được gene mã hóa 16S rRNA của cả các loài chưa biết.
nhờ có NGS và nguồn dữ liệu trình tự khá phong phú nên giờ đây ngta đã có thể đọc trình tự trực tiếp từ mẫu môi trường và blast trình tự thu được lên NCBI để lấy best hit. Nguyên tắc làm metaproteomics cũng tương tự. eDNA tôi hiếm khi nghe thấy nên chủ quan nghĩ rằng là 1 nhánh nhỏ của metagenomics.
 

Facebook

Top