ascho, vậy là dzữ lắm rồi. Bảo 120kb ổ cứng thì nhỏ chứ đoạn đấy trên DNA làm mệt nghỉ . Bác nói rõ hơn về approach của mình để bọn em mở rộng tầm mắt 1 chút.lonxon said:cái tui làm là thằng Chloroplast ấy, có chừng 100 đến 120 kb thôi, nên 1 mình tui làm nổi.
Anh cắt thành bao nhiêu đoạn ? Mỗi đoạn khoảng bao nhiêu nucleotides ? Làm trong khoảng thời gian bao lâu thì xong ? Tốn bao nhiêu $cái tui làm là thằng Chloroplast ấy, có chừng 100 đến 120 kb thôi, nên 1 mình tui làm nổi.
Cái đơn vị Mb và Mn là thế nào đấy ạ ? Em không biết những đơn vị này.Nuclear: 540 Mb
Ty thể: 40 kb
Nucleomorph: 310 Mn
Chloroplast: 120 kb
ok, thế tại sao anh ko sử dụng trực tiếp genome toàn phần (4 hệ gene) rồi thiết kế các primer đặc hiệu và câu các đoạn tương ứng, như vậy sẽ ko mất thời gian và công sức cho việc 1. Riêng việc dựng library và screening cũng mệt.lonxon said:tách riêng plastome, làm genome library rồi mới sequencing
tôi muốn hỏi nó ko hay ở chỗ nào? vì chắc chắn là ng ta đã ký kết các project từ trước khi có học bổng gọi bác sang làm rồi. Quan trọng là tại sao Prof của bác lại cho là dùng PCR ko hay? nói rõ hơn để tôi còn học hỏi với chứ.lonxon said:dùng PCR là một pp đã được nghĩ tới, nhưng nó kô hay và người làm Ph.D sẽ kô học được nhiều techniques (là điều quan trọng với 1 Ph.D student).
Tôi muốn hỏi là lục lạp phân chia độc lập với nhân trong tế bào. Nên hệ gene của tất cả những lục lạp trong cùng 1 tế bào có giống nhau ko? phát triển ra đối với các lục lạp của từng cá thể.lonxon said:Câu 1: Câu này không rõ lắm, nếu tui hiểu đúng ý bạn thì ý bạn hỏi là lục lạp của sinh giới có chung 1 nguồn gốc hay nhiều nguồn. Không. Các nhóm sinh vật (tảo, thực vật) khác nhau có thể có lục lạp từ những nguồn khác nhau. Mặc dù thủy tổ của lục lạp là 1 Proka (giả định là cyanobacteria) nhưng quá trình tiến hóa đã khiến cho chúng phát triển thành nhiều "dòng" lục lạp khác nhau.
Vâng, bác có thể attach nó vào topic này được ko? (to dontcry tại sao anh dl từ các file attach ở 4rum mà ko được nhỉ, em check lại nhé.)Câu 2: Trên Annual Review Plant, có 2 bài về di truyền của ty thể và lục lạp khá hay. Nếu bạn thật sự cần, tôi sẽ chuyển cho đọc.
Như vậy là hệ gene trong ty thể và lục lạp là các hệ gene bảo thủ. Nhưng có phải chúng cũng có vùng bảo thủ và vùng biến đổi đúng ko?. Nhưng anh có đọc ở đâu đó họ so sánh giữa việc dùng phân loại bằng gene 18S và các gene rbc chẳng hạn. Gene nào bảo thủ hơn.Câu 3: tiếp cận genome của ty thể (động vật) hay lục lạp (thực vật và tảo) vì hai genome này có độ bảo tồn cao hơn hẳn so với nuclear genome. Ở chúng kô có hiện tượng tái tổ hợp nên chúng khá bảo thủ. Thực tế, người ta dùng ty thể và lục lạp để dò tìm thêm bằng chứng ủng hộ cho 1 giả thuyết nào đó mà đôi khi genome nhân không cung cấp đủ.
vâng, vấn đề này còn lộn xộn lắm.Câu 4: genome lục lạp chỉ khỏang 120 kb, có thể cao hơn hoặc thấp hơn chút đỉnh. Phân lọai dưới lọai là câu hỏi đang làm nhiều nhà khoa học tốn công sức tìm ra một cái gọi là "chuẩn chung" để tiến hành phân lọai. Genome lục lạp cũng là 1 ứng cử viên cho cái chuẩn này, vì còn nhiều ý kiến khác đề nghị sử dụng những yếu tố khác. Vấn đề này chưa ngã ngũ, chỉ phụ thuộc từng đối tượng nghiên cứu và lab làm trên chuẩn nào mà thôi.
Vậy là bác làm là "quan hệ phát sinh chủng loại". Tôi lờ mờ hiểu là bác sẽ có trong tay 1 list các SNPs. Bác so sánh trong 1 tập hợp các loài cùng 1 chi hoặc cấp phân loại cao hơn. Bác xác định mối quan hệ gần gũi của loài A với các loài khác. Tôi hiểu vậy có đúng ko? Bác quan tâm đến toàn bộ genome 1 các tổng thể (global) hay từng SNP riêng lẻ?Câu 5: Thật ra tui giải lục lạp genome không phải để ... phân lọai. Vì nếu phân lọai 1 lòai mà phải đọc đến genome 1 lòai thì coi bộ cả thế giới phải xúm vô làm chứ kô chỉ có máy "nhà pha học phân lọai học phân tử" làm. Thực tế công việc tui làm đúng là giải trình tự lục lạp genome, nhưng sau đó tui sẽ so sánh nó với một lục lạp genome của 1 lòai tương cận khác đã được giải trình rồi, từ đó phân tích để thấy sự khác biệt giữa hai genome này. Sự khác nhau này giúp tui trả lời câu hỏi "Tại sao có A, A từ đâu tới" (A là lòai tui đang làm) hoặc "Tại sao A khác biệt với bà con họ hàng của nó". Về phần mềm sử dụng thì có thể sử dụng các công cụ hiện hành mà dân Molecular Evolution đang dùng như PaulPhylip*... hoặc có thể dùng tạm VectorNTI cũng được.
Anh cho em biết chính xác hơn lỗi nó báo như thế nào được không? Em thì vẫn down bình thường mà.to dontcry tại sao anh dl từ các file attach ở 4rum mà ko được nhỉ, em check lại nhé