01- Tính 3 cây, cây Maximum Likilihood là cây có tính đại diện cao nhất và dùng nó biện luận, NJ và Par chỉ dùng để lấy giá trị bootstrap.
02- giữa 3 cây này ít khi cho cùng kết quả, nhưng do ML có thuật tóan hơn hẳn hai pp kia nên nó được dùng.
Việc nhận xét cây kô dám nói vì phải người hiểu về lòai đang là mới dám phát biểu.
03- Trước khi rooted cái cây thì quá trình phân tích đã diễn ra rồi, nó cho ra cây unrooted trước tiên. Ví dụ như bản đồ thành phố nhìn từ trên cao xuống là cái cây unrooted đấy. Ta rooting tức là chấm 1 điểm làm trung tâm, ví dụ ở SG có người thích chọn Nhà thờ Đức Bà có người chọn UBND thành phố hay Nhà hát Lớn làm trung tâm, nhưng thế kết quả kô hề sai. Cái sai khi chọn outgroup có thể có là long branch artifact.
04- Do tui tính có 100 lần lặp lại nên thời gian chỉ mất chừng vài phút, tăng số lần lặp lại lên 1000 lần có thể tăng thời gian, ngòai ra nếu chạy thêm những advanced test khác thì qua đêm là chuyện thường ngày.
05- thời gian tiến hóa các lòai kô tính theo năm mà khỏang cách tiến hóa giữa các lòai tính theo đơn vị subsitution/changes. Vì ví dụ thế này, người mất 15 năm để trưởng thành, chó mất 2 năm, tảo mất vài tiếng ... thời gian sinh trưởng thế hệ khác biệt dẫn đến thời gian tiến hóa khác biệt (đồng hồ sinh học). Ta biết đồng hồ sinh học của chó và người nên có thể chuyển đổi qua lại, thế còn vi khuẩn, tảo , thực vật khác ... kô ai rãnh mà chuyển đổi kiểu đó.
06- Việc dựng cây tiến hóa, chu dù mất 3 phút hay 3 ngày chỉ là kết quả sơ lược. Sau đó cái phải làm là phân tích sâu hơn ví dụ tốc độ tiến hóa riêng rẽ từng nu, codon sử dụng, thrid codon và hằm bà lằng khác. Cũng như ta nuôi tách DNA, chạy PCR thấy có kết quả, chỉ là kết quả thô, còn sau đó ta làm thêm những việc khác nữa với DNA của mình hay của PCR products nữa chứ.
Chứ nếu chỉ chạy ra cây tiến hóa rồi công bố thì lab lab làm phylogeny người người là phylogenist mất rồi. Tui chỉ học 1,5 năm để biết đại cương về nó, sau đó ngưng vì sếp bảo đào tạo 1 đứa vững vàng Phylogeny mất 5-10 năm, ổng kô đủ sức nuôi tui. lab tui có 2 postdocts, 7 năm rồi đấy, bây giờ mới tự do tung hòanh.