What's new

Sự khác nhau về mRNA giữa sinh vật prokaryote và sinh vật eukaryote

kutebj219

Member
#1
EM đang làm seminar về đề tài: Sự khác nhau về mRNA giữa sinh vật prokaryote và sinh vật eukaryote.
Hì mới tham gia 4r mong mọi người cho ý kiến về đề tài này giúp em với và cho em xin 1 số tài liệu để viết đề tài (khoảng 30 trang word lận ạ :-<) Mong mọi ng giúp em...
Em xin cảm ơn :)
 

orion8x

Member
Làm seminal thì phải tự tìm hiểu chứ, kg nhẽ thư viện trường kg có sách!? Với lại những 30 trang thì giúp bằng đường nào!? Cứ làm tới đâu kg hiểu thì mọi ng giúp đc, chứ hỏi chung chung vậy biết gì mà giúp. Research cũng là 1 kỹ năng, kg thể nhờ mọi ng kiếm tại liệu cho chỉ việc ngồi đọc đc.
Gợi ý là nên so sánh cấu trúc mRNA (ribosome binding site, ORF... euk va pro có cái gì, kg có cái gì), sau đó là so sánh thành phần (ORF của chúng khác nhau chỗ nào chẳng hạn). Sau đó nữa có thể so sánh post-transcriptional modification..., có thể so sánh Codon Bias giữa prok và euk
Đặt giả thuyết là, nếu đưa 1 gene của prok vào tế bào euk (hoặc ngược lại) thì chúng có biểu hiện đc kg!? Tại sao!? Và nếu muốn biểu hiện gene của prok trong tế bào euk thì phải làm thêm những gì!?
Nếu biết đặt câu hỏi thì trình tự làm cũng rõ ràng thôi.
 

kutebj219

Member
Làm seminal thì phải tự tìm hiểu chứ, kg nhẽ thư viện trường kg có sách!? Với lại những 30 trang thì giúp bằng đường nào!? Cứ làm tới đâu kg hiểu thì mọi ng giúp đc, chứ hỏi chung chung vậy biết gì mà giúp. Research cũng là 1 kỹ năng, kg thể nhờ mọi ng kiếm tại liệu cho chỉ việc ngồi đọc đc.
Gợi ý là nên so sánh cấu trúc mRNA (ribosome binding site, ORF... euk va pro có cái gì, kg có cái gì), sau đó là so sánh thành phần (ORF của chúng khác nhau chỗ nào chẳng hạn). Sau đó nữa có thể so sánh post-transcriptional modification..., có thể so sánh Codon Bias giữa prok và euk
Đặt giả thuyết là, nếu đưa 1 gene của prok vào tế bào euk (hoặc ngược lại) thì chúng có biểu hiện đc kg!? Tại sao!? Và nếu muốn biểu hiện gene của prok trong tế bào euk thì phải làm thêm những gì!?
Nếu biết đặt câu hỏi thì trình tự làm cũng rõ ràng thôi.
Anh ơi tại sao lại phải "Đặt giả thuyết là, nếu đưa 1 gene của prok vào tế bào euk (hoặc ngược lại) thì chúng có biểu hiện đc kg!? Tại sao!? Và nếu muốn biểu hiện gene của prok trong tế bào euk thì phải làm thêm những gì!?
Nếu biết đặt câu hỏi thì trình tự làm cũng rõ ràng thôi"
anh có thể chỉ rõ giúp em vấn đề này ko ạ, em cũng có tìm dc 1 số tài liệu nói về đề tài này nhưng vốn tiếng anh chuyên ngành ko dc tốt lắm nên ms nhờ 4r giúp ạ. Mà anh gợi ý rõ dc ko ạ? Giúp thì giúp cho chót nha anh :) thanks ^^
 

orion8x

Member
*trót*
What/Why/Which... Biết tự đặt câu hỏi để mở rộng vấn đề và hiểu rõ vấn đề hơn, khi làm mình cũng kg phải rối tung rồi mù sắp xếp ý nào trên, ý nào dưới.
Với 1 vấn đề khá đơn giản như thế này thì 30 trang là quá nhiều, nên bắt bụôc phải mở rộng nó ra. So sánh trong trường hợp này, hay ta đang nói tới ứng dụng thực tiễn khi tổng hợp protein (vd như tổng hợp insulin ở vi khuẩn), sẽ cho ta thấy sự khác nhau rõ rệt hơn giữa các mRNA. Khi đưa 1 gene euk vào tế bào prok, nó sẽ kg biểu hiện đc vì những điểm khác nhau này, cái mình cắt bỏ đi, và cái mình thêm vào để hoàn chỉnh gene chỉ ra rằng, giữa prok và euk có những điểm khác biệt bắt buộc và thiết yếu.
Hơn nữa, GV sẽ đánh giá cao 1 bài tiểu luận nếu nó nói đến giá trị thực tiễn của vấn đề, hơn là những bài so sánh 1 cách lý thuyết, chung chung.
Nếu tiếng Anh chuyên nghành của e kg đc tốt lắm thì tốt nhất là nên bắt đầu ôn từ bây giờ. Kg cần phải siêu giỏi tiếng Anh mới hiểu đc các tài liệu chuyên nghành, phải chịu khó, kiên nhẫn ngồi đọc đọc đọc. Cái khó của tài liệu khoa học là từ vựng, và văn phong (khó, rắc rối và bùn ngủ), nên đọc nhìu thì sẽ hiểu đc thôi. Chỉ cần em hiểu đc văn phong và ý nghĩa của nó, kg cần phải hiểu từng từ.
 

kutebj219

Member
*trót*
What/Why/Which... Biết tự đặt câu hỏi để mở rộng vấn đề và hiểu rõ vấn đề hơn, khi làm mình cũng kg phải rối tung rồi mù sắp xếp ý nào trên, ý nào dưới.
Với 1 vấn đề khá đơn giản như thế này thì 30 trang là quá nhiều, nên bắt bụôc phải mở rộng nó ra. So sánh trong trường hợp này, hay ta đang nói tới ứng dụng thực tiễn khi tổng hợp protein (vd như tổng hợp insulin ở vi khuẩn), sẽ cho ta thấy sự khác nhau rõ rệt hơn giữa các mRNA. Khi đưa 1 gene euk vào tế bào prok, nó sẽ kg biểu hiện đc vì những điểm khác nhau này, cái mình cắt bỏ đi, và cái mình thêm vào để hoàn chỉnh gene chỉ ra rằng, giữa prok và euk có những điểm khác biệt bắt buộc và thiết yếu.
Hơn nữa, GV sẽ đánh giá cao 1 bài tiểu luận nếu nó nói đến giá trị thực tiễn của vấn đề, hơn là những bài so sánh 1 cách lý thuyết, chung chung.
Nếu tiếng Anh chuyên nghành của e kg đc tốt lắm thì tốt nhất là nên bắt đầu ôn từ bây giờ. Kg cần phải siêu giỏi tiếng Anh mới hiểu đc các tài liệu chuyên nghành, phải chịu khó, kiên nhẫn ngồi đọc đọc đọc. Cái khó của tài liệu khoa học là từ vựng, và văn phong (khó, rắc rối và bùn ngủ), nên đọc nhìu thì sẽ hiểu đc thôi. Chỉ cần em hiểu đc văn phong và ý nghĩa của nó, kg cần phải hiểu từng từ.
Cảm ơn anh đã giúp em. Coi như là chỉ giáo cho thế hệ sau thoai ạ ^^
À anh có tài liệu nào liên quan vê vấn đề đưa 1 gene của prok vào tế bào euk ko ạ? EM đang cố gắng học tiếng anh chuyên ngành để hiểu 1 chút về tài liệu nc ngoài. À còn 1 vấn đề nữa ạ anh có thể chỉ rõ hơn cho em sự khác nhau về post-transcriptional modification và Codon Bias giữa prok và euk dc ko ạ, em tìm tài liệu nhưng mà nó nói trái nhau quá ko biết đâu đúng đâu sai ạ. Cảm ơn anh :)(y)
 

orion8x

Member
[:divien: vừa gõ xong 1 hơi dài nhưng bị lỗi phải gõ lại @.@]
Post-translational modification là quá trình xảy ra ở euk, gồm 3 bước chính là đóng 5'-cap, gắn đuôi poly-A tail, và cắt bỏ intron. Quá trình này kg có ở prok => chúng kg có 5'-caping, kg có intron và lưu ý, poly-A tail của prok làm nhiệm vụ kích hoạt quá trình tiêu hủy mRNA, trong khi poly-A tail của euk làm nhiệm vụ bảo vệ mRNA khỏi bị phân hủy.
=> Tin tốt: Em có thêm ý để viết, cụ thể là nguyên lý bảo vệ mRNA của prok và euk (euk bảo vệ mRNA bằng cách đóng nắp 5'-cap và gắn poly-A tail, trong khi prok dùng secondary hair-loops structure)

Codon Bias định nghĩa là, sự sử dụng các codon khác nhau trong tổng hợp protein giữa các loài sinh vật. Theo ta biết có tổng cộng 64 codon, mã hóa cho 20 a.a. 1 sinh vật sẽ kg dùng hết 64 codon để mã hóa protein của chúng, thay vào đó nó sẽ dùng 1 số các codon rất phổ biến, và một số codon sẽ rất ít gặp, hoặc kg gặp (0.1%). Điều này rất quan trọng trong thực tiễn, ví nếu đưa 1 gene ngoại lai vào tế bào, nếu nó chứa 1 codon "lạ", tế bào sẽ kg tổng hợp đc protein, hoặc tổng hợp rất chậm do kg có sẵn tRNA thích hợp.
Tuy nhiên a thấy nó ít liên quan tới vấn đề em đang làm, nó chủ yêu liên quan tới sự khác nhau giữa loài, nhưng nếu bí ý em có thể sử dụng.
 

orion8x

Member
A kg có thời gian để ngồi đọc và sàn lọc tài liệu cho e đc, và chuyện đó là chuyện e phải làm, nó sẽ cho e kỹ năng research. Tiếng Anh kg tốt thì bắt đầu học, cho bài tiểu luận sau này nữa. Nếu có vấn đề gì kg hiểu, hoặc kg chắc chắc thì đưa lên, mọi ng sẽ giúp, chứ a kg làm giùm e đc.
 

kutebj219

Member
[:divien: vừa gõ xong 1 hơi dài nhưng bị lỗi phải gõ lại @.@]
Post-translational modification là quá trình xảy ra ở euk, gồm 3 bước chính là đóng 5'-cap, gắn đuôi poly-A tail, và cắt bỏ intron. Quá trình này kg có ở prok => chúng kg có 5'-caping, kg có intron và lưu ý, poly-A tail của prok làm nhiệm vụ kích hoạt quá trình tiêu hủy mRNA, trong khi poly-A tail của euk làm nhiệm vụ bảo vệ mRNA khỏi bị phân hủy.
=> Tin tốt: Em có thêm ý để viết, cụ thể là nguyên lý bảo vệ mRNA của prok và euk (euk bảo vệ mRNA bằng cách đóng nắp 5'-cap và gắn poly-A tail, trong khi prok dùng secondary hair-loops structure)

định nghĩa là, sự sử dụng các codon khác nhau trong tổng hợp protein giữa các loài sinh vật. Theo ta biết có tổng cộng 64 codon, mã hóa cho 20 a.a. 1 sinh vật sẽ kg dùng hết 64 codon để mã hóa protein của chúng, thay vào đó nó sẽ dùng 1 số các codon rất phổ biến, và một số codon sẽ rất ít gặp, hoặc kg gặp (0.1%). Điều này rất quan trọng trong thực tiễn, ví nếu đưa 1 gene ngoại lai vào tế bào, nếu nó chứa 1 codon "lạ", tế bào sẽ kg tổng hợp đc protein, hoặc tổng hợp rất chậm do kg có sẵn tRNA thích hợp.
Tuy nhiên a thấy nó ít liên quan tới vấn đề em đang làm, nó chủ yêu liên quan tới sự khác nhau giữa loài, nhưng nếu bí ý em có thể sử dụng.
Cảm ơn anh nhiều ạ, còn 2 tuần nữa em ms nộp nên có vấn đề gì em sẽ post ở topic này mong anh giúp đỡ nha... à mà càng hỏi anh lại càng cho em thêm nhiều vấn đề hay ý :) mà cái ribosome binding site nó khác nhau như nào anh nhỉ, thêm nữa em đang so sánh giữa prokaryote và eukaryote, có nên đưa hay ko đưa vấn đề Codon Bias vào ko ạ, vì vấn đề này bọn em chưa dc biết rõ cho lắm, hay anh giải thick kĩ vs em 1 chút dc ko ạ :) 30 trang mà vấn đề nó cũng ko dc nhiều lắm nên hơi khó cho em (em ms lên năm 3 thoai)
Thanks anh 1 lần nữa nhé:)
 

kutebj219

Member
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/References/Ambion-Tech-Support/translation-systems/general-articles/ribosomal-binding-site-sequence-requirements.html

Em có thể đọc ở đây. Lưu ý ở câu cuối cùng..... Chi tiết hơn em có thể search ở wiki hoặc sách về genomic, hoặc các bài báo.
Theo a thì kg nên đưa Codon Bias vao mắc công lạc đề...
Thanks anh em đang nghiền cuốn này Biology 8th ed by Campbell and Reece ms tìm dc bản dịch tiếng việt full ạ :)
Thật ra đây ko phải là lần đầu em làm seminar nhưng lần này vấn đề ko dc lớn mà ông thầy dạy em (TS Khuất Hữu Thanh-BKHN:mrgreen:) cho lận 30 trang. May mà anh ghóp ý cho thêm vấn đề chuyển gen từ sv pro vào eu nên em ms có động lực làm ạ:hihi: Có j anh chỉ dạy thêm ạ
À anh ơi, em có hỏi ông thầy về cơ chế tự sửa sai, em nghĩ là giữa sv pro và eu có sự khác nhau, ông ý bảo là RNA và DNA đều có quá trình tự sửa sai, nhưng mà quá trình này do gen là chính, ko biết em có nên đưa vấn đề này vào ko hả anh ^^
 

kutebj219

Member
A kg có thời gian để ngồi đọc và sàn lọc tài liệu cho e đc, và chuyện đó là chuyện e phải làm, nó sẽ cho e kỹ năng research. Tiếng Anh kg tốt thì bắt đầu học, cho bài tiểu luận sau này nữa. Nếu có vấn đề gì kg hiểu, hoặc kg chắc chắc thì đưa lên, mọi ng sẽ giúp, chứ a kg làm giùm e đc.
Ôi xem info của anh ms biết đại ca là du học sinh ở Nhật á :) bái phục:hoanho:
 

orion8x

Member
Thanks anh em đang nghiền cuốn này Biology 8th ed by Campbell and Reece ms tìm dc bản dịch tiếng việt full ạ :)
Thật ra đây ko phải là lần đầu em làm seminar nhưng lần này vấn đề ko dc lớn mà ông thầy dạy em (TS Khuất Hữu Thanh-BKHN:mrgreen:) cho lận 30 trang. May mà anh ghóp ý cho thêm vấn đề chuyển gen từ sv pro vào eu nên em ms có động lực làm ạ:hihi: Có j anh chỉ dạy thêm ạ
À anh ơi, em có hỏi ông thầy về cơ chế tự sửa sai, em nghĩ là giữa sv pro và eu có sự khác nhau, ông ý bảo là RNA và DNA đều có quá trình tự sửa sai, nhưng mà quá trình này do gen là chính, ko biết em có nên đưa vấn đề này vào ko hả anh ^^
Anh kg biết gì nhìu lắm về cơ chế sửa sai của RNA, a cũng kg nghĩ là nên đưa vào vì sửa lỗi là vấn đề chính của DNA, còn chúng ta đang nói tới mRNA.
Như a nói, mở rộng ra hướng thực tiễn thì 30 trang hoàn toàn có thể viết đc, vì một khi đưa ra thực tế có rất nhìu vấn đề phải bàn và e sẽ phát hiện ra đc nhìu ý mới nữa. còn 2 tuần thì phải ngồi làm gấp đôi ng khác mới kịp đấy.
Happy research, good luck!
 

kutebj219

Member
Anh kg biết gì nhìu lắm về cơ chế sửa sai của RNA, a cũng kg nghĩ là nên đưa vào vì sửa lỗi là vấn đề chính của DNA, còn chúng ta đang nói tới mRNA.
Như a nói, mở rộng ra hướng thực tiễn thì 30 trang hoàn toàn có thể viết đc, vì một khi đưa ra thực tế có rất nhìu vấn đề phải bàn và e sẽ phát hiện ra đc nhìu ý mới nữa. còn 2 tuần thì phải ngồi làm gấp đôi ng khác mới kịp đấy.
Happy research, good luck!
Haiz hôm nay em thử hỏi thầy ý về vấn đề mở rộng:"Đặt giả thuyết là, nếu đưa 1 gene của prok vào tế bào euk (hoặc ngược lại) thì chúng có biểu hiện đc kg!? Tại sao!? Và nếu muốn biểu hiện gene của prok trong tế bào euk thì phải làm thêm những gì!? " thì dc ông ý blah..blah 1 hồi sau đó bảo anh cứ so sánh thì so sánh đi, đấy là chuyển gen có liên quan đến vấn đề mRNA của anh đâu, anh đưa vào làm j? rồi sau ông ý phân tích 1 hồi, em lại nản luôn :???: Haizz ông ý là PGS TS nên em cũng chả dám cãi cái j cơ, Híc anh ơi bây h chỉ so sánh làm sao mà cho đủ vì ít nhất là 30 trang lận.
P/S em làm theo cái sườn này: so sánh về thành phần này, về cấu trúc này, hoạt đông(phiên mã,dịch mã...) nên nói luôn ứng dụng trong đó hay để so sánh xong ms nói thì hay hơn ạ? Mà anh cho ví dụ về 1 dàn bài hợp lý giúp em dc ko?:hihi:
 

orion8x

Member
Chài, em hỏi kỉu như vậy thì gặp a cũng cho là lạc đề.
A đưa ra câu hỏi như vậy, là để em tự hỏi bản thân, biết đặt câu hỏi thì mới biết làm những gì.
vd, e đang so sánh giữa ribosome binding site của euk (Kozak sequence)và prok (SD sequence), đang nói tới euk có cai này, prok cái này, blah blah blah. Tuy nhiên, tế bào euk có thể dịch mã hiệu quả từ 1 đoạn mRNA kg có kozak sequence (citation), nếu nó chứa 1 đoạn 5' vô nghĩa kg có secondary structure. Thực tế chỉ ra rằng, E.coli ribosom ưu tiên dịch mã từ SD sequence, trong khi euk ribosome có thể nhận biết và hoạt động trên cả SD sequence và kozak sequence...(citation)
Hoặc là: Khi e đang nói về poly A tail, blah blah blah... Thật vậy, poly A tail là thành phần cần thiết để biến đổi 1 mRNA "thô" thành 1 mRNA "hoàn thiện" có thể dùng để dịch mã ở tế bào euk. Thực tế cho thấy, hấu hết các hệ vector biểu hiện protein ở tế bào euk như pT-REX, pCI.... đều chứa đoạn SV40 late polyA signal để tăng hiệu quả biểu hiện protein....

So sánh sự khác nhau, và giống nhau giữa các vector bieu hien ở euk và prok cũng là 1 cách. Nhưng đừng để lạc vào đề tài chuyển gene, và sự khác nhau của các vector. Chỉ cần so sánh từ đoạn chuyển thành mRNA.
 

kutebj219

Member
Chài, em hỏi kỉu như vậy thì gặp a cũng cho là lạc đề.
A đưa ra câu hỏi như vậy, là để em tự hỏi bản thân, biết đặt câu hỏi thì mới biết làm những gì.
vd, e đang so sánh giữa ribosome binding site của euk (Kozak sequence)và prok (SD sequence), đang nói tới euk có cai này, prok cái này, blah blah blah. Tuy nhiên, tế bào euk có thể dịch mã hiệu quả từ 1 đoạn mRNA kg có kozak sequence (citation), nếu nó chứa 1 đoạn 5' vô nghĩa kg có secondary structure. Thực tế chỉ ra rằng, E.coli ribosom ưu tiên dịch mã từ SD sequence, trong khi euk ribosome có thể nhận biết và hoạt động trên cả SD sequence và kozak sequence...(citation)
Hoặc là: Khi e đang nói về poly A tail, blah blah blah... Thật vậy, poly A tail là thành phần cần thiết để biến đổi 1 mRNA "thô" thành 1 mRNA "hoàn thiện" có thể dùng để dịch mã ở tế bào euk. Thực tế cho thấy, hấu hết các hệ vector biểu hiện protein ở tế bào euk như pT-REX, pCI.... đều chứa đoạn SV40 late polyA signal để tăng hiệu quả biểu hiện protein....

So sánh sự khác nhau, và giống nhau giữa các vector bieu hien ở euk và prok cũng là 1 cách. Nhưng đừng để lạc vào đề tài chuyển gene, và sự khác nhau của các vector. Chỉ cần so sánh từ đoạn chuyển thành mRNA.
Em chỉ biết về vecto chuyen gen chứ vecto bieu hien :-? như nào anh nhỉ
À tiện thể anh cho ý kiến về bố cục của em như thế có dc ko ạ hay chi tiết hơn:???:
Thanks anh nhá, em thấy topics nào cần giải đáp cũng có anh :)
 

orion8x

Member
Em có thể vào trang web của một số hãng xản suất vector nổi tiếng để tham khảo gene maps của expression vectors.
http://www.promega.com/products/vectors/mammalian-expression-vectors/
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/Products-and-Services/Applications/Protein-Expression-and-Analysis/Protein-Expression.html
bố cục của e thế nào thì a chịu, có thế đâu mà cho ý kiến. Cứ làm đi, chắc chắn sẽ sai =)), làm là để học hỏi. Với lại, ý kiến của a có thể khác với ý kiến của thầy e. Chúc may mắn.
 

kutebj219

Member
Em có thể vào trang web của một số hãng xản suất vector nổi tiếng để tham khảo gene maps của expression vectors.
http://www.promega.com/products/vectors/mammalian-expression-vectors/
http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/Products-and-Services/Applications/Protein-Expression-and-Analysis/Protein-Expression.html
bố cục của e thế nào thì a chịu, có thế đâu mà cho ý kiến. Cứ làm đi, chắc chắn sẽ sai =)), làm là để học hỏi. Với lại, ý kiến của a có thể khác với ý kiến của thầy e. Chúc may mắn.
oài em xem trong 2 trang đó cũng ko hiểu dc j à :-< :cry:
Cái bố cục mà em nói ý: đầu tiên giới thiệu về pro và eu. nêu vấn đề rồi đến so sánh.so sánh về Thành phần cấu trúc nè, biểu hiện chức năng và nói về ứng dụng trong đó luôn
Hệ thống lại thì có: ribosome binding site, ORF, post-transcriptional modification,poly-A tai, cơ chế phiên mã dịch mã...
Như vậy đã đủ vấn đề chưa anh? HÌ:)
 

kutebj219

Member
@orion8x: hờ em tìm dc 1 số cái nói về vecto chuyển gen hết à ko có cái nào về vecto bieu hien cả, khó thật
 

orion8x

Member
http://www.promega.com/products/product-subcategory-search-results/?f=062b06c0-f6f1-438a-ac28-2d760da4c21d&s=title
=> promega bacterial expression vectors.
http://www.promega.com/products/product-subcategory-search-results/?f=17ef13a8-34df-4798-9a7d-77390242260a&s=title
=> promega mammalian expression vectors.
Chọn từng vector => click vào "Figure & Table" sẽ cho em thấy map của từng vector. vì đề bài chỉ ngắn gọn trong mRNA nên em chỉ nên chú ý khoảng từ T7 (promoter T7) vào MCS (đoạn đc ghi chú với nhìu restriction enzyme site)
http://igene.invitrogen.com/products/selector/vectors/navs/Vector Type/Expression
=> invitrogen expression system.
em chọn từng mục tưng ứng (expression=> mammalian/insect/yeast/bacterial) nó sẽ cho ra 1 list các vector ở dưới.
Chọn 1 vector nào đó, kéo xuống dưới kiếm chữ "map" (hoặc Ctrl-F, gõ map=> enter), nó có link tới maps của vector. Một số vector nó cho map sẵn luôn như http://products.invitrogen.com/ivgn/product/K412501, click vô hình ở dưới "Figure" để phóng to map.
 

Facebook

Top