Tôi thường làm tay thôi bạn ạ.
Ví dụ bạn có cái map và sequence quanh vùng MCS rồi nhé. Thường thì đa số vector đã có promoter, SD sequence (vị trí gắn Ribosome), mã mở đầu và mã kết thúc. Ngoài ra nó có thể có thêm 1 số sequence như 6His, GST, intein...v.v nhằm hỗ trợ quá trình tinh sạch.
Bạn copy toàn bộ cái sequence đó vào file word.
Sau đó bạn copy cái trình tự của bạn (chỉ có khung đọc không có mã mở đầu kết thúc) và chèn vào vị trí MCS, ở bất kỳ vị trí nào nằm giữa 2 enzyme cắt giới hạn bạn chọn. Kiểm tra xem dịch mã có ra đúng protein bạn muốn hay không. Nếu đúng rồi thì thiết kế mồi bằng cách copy khoảng 18-25 Nu nằm ở đoạn đầu và đoạn cuối của gene của bạn, kèm theo 6 cái Nu của vị trí enzyme nằm ngay trước và sau cái gene đó.
Sau đó bạn copy toàn bộ trình tự này vào một text file lưu trong máy. Khi construct của bạn đã hoàn thành bạn có thể align sequence lý thuyết với kết quả giải trình tự sẽ rất tiện.
Để vẽ cho đẹp đưa vào báo thì bạn có thể dùng Vector NTI để thao tác cắt và nối.
Để có được gene của bạn từ DNA tổng số (genomic DNA), bạn có thể dùng mồi đặc hiệu, mồi thoái hóa. Hoặc dùng thư viện cDNA, hoặc RT-PCR từ mRNA...v.v. Trường hợp dùng mồi thoái hóa, tôi đã sử dụng rất thành công chương trình iCODEHOPE để nhân vài gene quan tâm. Ưu điểm của iCODEHOPE là chỉ có khoảng 12 Nu ở đầu 3' là thoái hóa, còn tất cả ở đầu 5' là đặc hiệu, giúp giảm độ thoái hóa của mồi và làm tăng tính đặc hiệu của pứ.